Vaikka immuunijärjestelmää säädellään tarkasti, se voi toisinaan tehdä myös virheitä. Niin sanotuissa autoimmuunitaudeissa puolustusjärjestelmä hyökkää elimistön omia soluja tai molekyylejä vastaan. Joskus taas puolustusreaktio on suunnattu vieraita rakenteita vastaan, mutta käynnistyy liian herkästi tai liian voimakkaasti. Tällöin puhutaan allergisista tai atooppisista sairauksista, joihin kuuluvat esimerkiksi atooppinen ihottuma, astma, allerginen nuha ja erilaiset allergiat. Yhdessä tätä sairausjoukkoa kutsutaan myös tyypin 2 tulehduksellisiksi sairauksiksi.

Vaikka atooppisen ihottuman taustalla olevia mekanismia ei täysin tunneta, tiedämme, että siinä on osallisena elimistömme yliaktivoitunut puolustusjärjestelmä ja immuunipuolustuksen interleukiineja. Interleukiinit ovat tulehdusvälittäjäaineita, jotka osallistuvat elimistön puolustamiseen tauteja ja tulehduksia vastaan.

Kun ihon läpäisyeste on heikentynyt, allergeenit ja bakteerit pääsevät helpommin ihon läpi, jolloin elimistön immuunipuolustus aktivoituu. Immuunisoluista vapautuu interleukiineja, jotka osaltaan aiheuttavat ihon punoitusta ja kutinaa. Seurauksena on ihon pysyvä tai jatkuvasti toistuva tulehdus, joka aiheuttaa atooppisen ihottuman oireet. Lue tästä lisää atooppisen ihottuman oireista.

Atooppista ihottumaa ja muita atooppisia sairauksia ei vielä osata estää. Näiden sairauksien hoitoon on kuitenkin olemassa lukuisia vaihtoehtoja. Koska monet atooppisen ihottuman, astman ja muiden tyypin 2 tulehduksellisten sairauksien oireista liittyvät yliaktiivisen puolustusjärjestelmämme aiheuttamaan pitkäkestoiseen tulehdukseen, tämän tulehduksen lievittäminen on tärkeä osa näiden sairauksien hoitoa.  

Filaggriini on ihon läpäisyesteelle tärkeä valkuaisaine, joka pitää ihon pehmeänä ja ihon läpäisyesteen ehjänä. Jos filaggriinia säätelevässä geenissä onmuutoksia, iho voi kuivua ja ihon läpi pääsee tällöin helpommin immuunipuolustusta aktivoivia aineita. Osalla atooppista ihottumaa sairastavista on todettu filaggriini-geenissä muutoksia, joiden uskotaan osaltaan liittyvään atooppisen ihottuman syntyyn näillä potilailla.

Atooppisten sairauksien yleistyminen viime vuosikymmeninä liittyy läheisesti elintapojen muutokseen. Hygieniahypoteesin esitti ensimmäisen kerran professori David Strachan vuonna 1989. Hän väitti, että liian hygieeninen ympäristö ja vähentynyt altistuminen infektioille olivat syynä atooppisten tautien lisääntymiseen länsimaissa. Myöhemmät havainnot tukevat tätä väitettä. On esimerkiksi osoitettu, että maatilalla erilaisten eläinten parissa eläneet lapset saavat paremman suojan atooppisia tauteja vastaan kuin lapset, jotka eivät kodeissaan altistu samassa määrin bakteereille.